Während einer Behandlung untersucht der Therapeut sowohl die Pulsation des Cranio-Sacralen-Rhythmus in Hinblick auf Symmetrie, Frequenz (Anzahl pro Minute), Amplitude (Stärke der Bewegung) und Qualität, als auch die freie Beweglichkeit der Schädelknochen und der Wirbelsäule und den Tonus bzw. die Beweglichkeit wichtiger Bindegewebsfaszien im Körper.

Die Cranio-Sacral-Therapie bietet eine Reihe von Techniken, um Blockaden und Restriktionen zu mildern bzw. völlig aufzulösen. Stets wird dabei sehr sanft und vorsichtig gearbeitet, die Handbewegungen des Therapeuten sind in der Regel kaum wahrnehmbar. Knöcherne Blockaden der Schädelnähte beispielsweise werden einem Druck oder Zug von 5 - 10 Gramm ausgesetzt. Dieser minimale Reiz, über eine Zeit von einigen Sekunden bis einigen Minuten aufrechterhalten bewirkt eine Lockerung des verbindenden Bindegewebes und ermöglicht es den Knochen, in Ihre ursprüngliche, physiologische Form zurückzukehren. Eine Behandlung mit Cranio-Sacraler-Therapie dauert 30 – 60 Minuten. Der Patient bleibt während der Behandlung bekleidet, in der Regel liegt er entspannt auf dem Rücken.