Das Indikationsspektrum der Cranio-Sacralen-Therapie ist sehr groß, da das Cranio-Sacrale-System wie bereits erwähnt über Fascien im Zusammenhang mit allen Organen des menschlichen Körpers steht.

Neben neurologischen, pädiatrischen, und vielen orthopädischen Erkrankungen als Hauptindikationen lassen sich auch innere- und einige gynäkologische Erkrankungen mit Cranio-Sacraler-Therapie behandeln. Die Indikation zur Therapie mit CranioSacralen Techniken wird in erster Linie aus dem Befund der ersten Behandlung gestellt, nicht zwingenderweise aus der Diagnose des Patienten. Finden sich gravierende Störungen im Cranio-Sacralen-System, so ist eine Behandlung angezeigt. Wenn keine Erkrankung vorliegt, wirkt die Beseitigung von Störungen im Cranio-Sacralen-System prophylaktisch.
Bei einigen Erkrankungen lassen sich erfahrungsgemäß immer Störungen im Cranio-Sacralen-System finden, so dass diese Erkrankungen dementsprechend gut auf Cranio-Sacrale-Therapie ansprechen:

Cranio-Sacrale-Therapie ist das Mittel der Wahl bei Erkrankungen im Kopf- und Wirbelsäulenbereich wie: Tinnitus, Migräne, andere Kopfschmerzen, Facialisparese, Trigeminusneuralgie, Neuritiden, Seh-, Hör- und Geruchsstörungen unterschiedlicher Genese, Zahn- und Kieferbeschwerden, Meningitis, Schleudertrauma, Wirbelsäulenverletzungen, ...
Die Behandlung von Lernschwierigkeiten, Hyperaktivität, Konzentrationsschwierigkeiten, Depressionen, Autismus und geistiger Retardierung zeigt oft sehr gute Ergebnisse.

Die Arbeit mit den Somato-Emotional Release Techniken ermöglicht es, traumatische Ereignisse sowohl physischer als
auch psychischer Art schonend zu aktivieren und zu integrieren.